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首發集成希望組NextDenovo軟件,華為云開啟基因科技云時代

發布時間:2019-10-25 22:46:56  來源:互聯網    背景:

  歷經數十年的發展,如今基因測序技術已經在基礎研究、技術研發和臨床實踐上得到了廣泛的應用,據預測,基因測序市場未來五年復合增長率在35%左右,2022年有望突破300億美元。逐漸完善的檢測技術和不斷降低的設備成本使基因測序逐漸普及,這一技術對生物科技研究和醫學界的影響也越來越大。

  不久前,希望組在Github上線了三代測序數據高效糾錯、組裝軟件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1,面向全球范圍開源并為學術研究和其它非商業用途免費開放。據悉,本次希望組發布的NextDenovo最新版不但解決了現有三代測序數據組裝工具資源占用大、運行時間長、組裝質量不穩定的瓶頸,還實現了單Contig一條染色體和超大型基因組組裝的突破,為利用三代數據組裝基因組掃清了組裝算法的障礙。

  目前華為云基因容器已經率先集成了NextDenovo最新版,用戶無需下載源碼、編譯和安裝等復雜過程,可以直接上傳腳本進行數據分析,極大簡化了使用流程,并且免除了后續資源、應用維護的煩惱。

  華為云推出基因容器服務GCS,助力行業突破瓶頸

  基因測序對密集計算和海量數據處理能力有較高的要求,尤其是隨著第三代基因測序技術的研發和廣泛應用,數據量較之第二代有了百倍增長,在呈現更加精準的測序結果的同時,也給基因測序企業帶來了算力、存儲能力等IT資源的壓力。基因測序市場的火爆將這一系列問題逐漸放大,成為阻礙行業和技術發展的“絆腳石”。

  2018年,華為云全球首家推出了以Kubernetes為基礎的基因容器服務GCS,將基因測序與容器技術完美地結合在了一起。據悉,基因容器服務GCS是華為云在Kubernetes封裝了一層關于基因測序的抽象,讓基因行業可以迅速部署和使用容器技術,幫助基因行業的用戶提高資源利用率,輕松應對波峰波谷,降低環境搭建的復雜性。

  具體來講,針對基因行業普遍存在的工具碎片化、開發語言多樣、系統維護困難等瓶頸,華為云的基因容器解決方案有“快、省、易、捷”的特點。

  “快”是指極速測序:GCS支持10萬容器規模,可以超高并發運行測序分析流程,大幅縮短測序市場,面對大規模并發,得益于高性能容器批量計算平臺Volcano的高效任務調度能力,可以避免任務的死鎖、減少等待時間,進一步提升測序分析效率;

  “省”來自于華為云的高性價比:算力資源按需、按秒計費,CPU和內存則根據業務訴求靈活配比,避免浪費,有效幫助企業降低成本;

  “易”在于免運維:基于Severless架構的容器服務,集群資源自動化擴縮容,分析流程根據預置規則可以自動化處罰和執行;

  “捷”則體現在華為云帶來的一站式服務:將基因測序分析與數據挖掘能力統一到一套流程里面,避免多套系統操作帶來的不便。

  基于輕量級的容器技術,GCS結合了大數據、深度學習算法,為測序廠商提供了靈活可定制的測序流程、秒級可伸縮的高可靠資源和便捷一站式用戶體驗,結合希望組在基因行業內多年來的業務積累,更貼近基因測序行業客戶的訴求,讓基因測序數據的計算更省、更快、更輕松。

  技術賦能行業,助力基因企業創新發展

  據了解,除希望組外,國內基因行業Top 15的企業中已經有14家采用了華為云的服務。其中,上海其明信息技術有限公司在華為云容器CCI支持下,其基因檢測與基因云計算的綜合平臺GCBI已經完成了25萬例基因數據分析和挖掘,協作作出1萬多次基于基因信息的臨床決策。數據顯示,將業務部署在華為云CCI上后,上海其明的實際計算成本降低了30%-50%,實現了K8S和物理資源免運維。

  不僅如此,在AI輔助病理診斷應用開發方面,華為云還與金域醫學合作取得過突破性進展,金域醫學病理專家團隊與華為云AI團隊合作,首次基于病理形態學,通過深度學習技術,訓練出精準、高效的AI輔助宮頸癌篩查模型。該模型在排陰率高于60%的基礎上,陰性片判讀的正確率高于99%。同時,陽性病變的檢出率超過99.9%,是目前國際上已公布的AI輔助宮頸癌篩查的最高水平。

  華為云致力于做智能世界黑土地,以信息技術賦能各行各業,并持續加大研發投入,助力千行百業在5G+云+AI的驅動下實現轉型升級。華為云與基因行業的跨界結合幫助基因企業解決了底層技術難題,全力聚焦業務創新,未來也必將極大地加速基因測序等科學技術領域的發展。

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